El Colegio San José, pertenece a la Congregación de Misioneras Catequistas de la Sagrada Familia, fundada en  septiembre del año 1920.  De dependencia particular subvencionado, y de carácter gratuito, es la concreción del sueño de la Madre fundadora de llegar a todos los lugares con el mensaje de una educación de calidad y sentido de acogida para los niños y niñas más necesitados.  Su amor a Dios se fue consolidando a la fundación de escuelas primarias católicas que dieran respuesta a la enorme necesidad de educación de niñas de extrema pobreza y en situación de aislamiento.  Desde ahí también la opción de que los colegios también fueran internados. Considerando que  la Congregación  ya había fundado comunidades en la costa y en la capital, se consideró necesaria la presencia en el campo, específicamente en Calle Larga, comuna en la cual no existía un colegio católico. A partir de este momento, comienza la misión apostólica y educativa de la Congregación en la comuna de Calle Larga al inaugurarse el 19 de marzo de 1944 el “Colegio San José”. Cuatro religiosas inician la misión, teniendo como superiora a la Hermana Rosa Alarcón, siendo reconocido en la la función cooperadora del Estado mediante la Resolución Exenta N° 2807 de 1961 y ratificada como tal, con la Resolución Exenta N° 2564 de 1986.

A partir del año 2003 y asumiendo los objetivos de las políticas educacionales, el Colegio ingresa al régimen de Jornada escolar Completa (JEC), en el año 2008 se firma el Convenio de Igualdad de Oportunidades para la Calidad de la Educación (Ley SEP) y en el año 2014 el Convenio de Proyecto de Integración PIE, que viene a promover el mejoramiento de la calidad de los aprendizajes de los niños y niñas con Necesidades Educativas Especiales.